Le centre tient à rester dans sa posture de neutralité, quant aux différentes obédiences et couloirs politiques qui irriguent la société tchadienne. Il traite de tous les sujets dans une approche multisectorielle. De par ses analyses, le centre peut frustrer souvent l’opinion des uns et des autres en faisant des analyses ou études objectives sur des situations ou phénomènes pouvant conduire à une impasse. Il est arrivé que le Centre en tirant la sonnette d’alarme sur le critère d’inclusivité du DNIS (par exemple) ou l’invitation des partis politiques à ses activités (table ronde du 8 juillet 2023 où certains partis politiques d’opposition ont répondu à l’invitation) soit accusé de connivence avec l’opposition, tantôt avec la mouvance ( la dernière visite du CEDPE à la Primature) en est la preuve.
Il importe de dissocier les relations personnelles des membres du CEDPE ( du Président, en passant par le personnel aux chercheurs associés ou indépendants) des activités professionnelles. Le personnel ainsi que les chercheurs associés ou indépendants sont libres, comme tout citoyen d'avoir une couleur politique ou de fréquenter de façon privée les politiques. Tant que ceux-ci sont regardants sur le respect du code d'éthique et de déontologie de la profession qu'ils exercent.
Force est de constater que le centre subit une campagne de dénigrement sur la base des confusions alimentées à dessein.